Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology / Bioinformatik / Systems Immunology (m/w/d)
Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Petya Apostolova eine*n
Das Forschungsprojekt beschäftigt sich mit den zellulären und molekularen Mechanismen des Immune Escape bei akuter myeloischer Leukämie (AML). Ziel ist es, mithilfe modernster Metabolom- und Single-Cell-Transkriptomanalysen Signalwege und metabolische Interaktionen zu identifizieren, die das Zusammenspiel zwischen Leukämie- und Immunzellen steuern. Weiterhin sollen bioinformatische Tools zur Analyse von Metabolomics Daten und zur Intergation von Metabolomics und Transcriptomics Daten weiterentwickelt werden.
Wir bieten Ihnen:
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eine Forschungsgruppe mit modernster Technologie und internationalem Umfeld
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strukturiertes Mentoring zur Entwicklung von bioinformatischen Fähigkeiten, insbesondere für die Analyse von Metabolomics und Single-cell-transcriptomics Daten
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Zugang zu High-Performance-Computing-Ressourcen und modernsten Einzelzell-Plattformen
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intensive Betreuung und interdisziplinäre sowie internationale Kooperationen
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Teilnahme an der Graduiertenschule des CRC 1479 "OncoEscape" https://www.sfb1479.uni-freiburg.de/
- ein motiviertes Team und UKF-Benefits (z.B. JobTicket UKF)
Einblick in Ihre Aufgaben:
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Analysen von Daten aus modernen Omics-Technologien (z.B. Metabolomics, Single-cell RNA-Sequenzierung, Spektral-Flow-Zytometrie)
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Anwendung und Weiterentwicklung bioinformatischer Methoden für die Analyse von Metabolomics Daten und ihre Integration mit anderen Modalitäten
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Zusammenarbeit mit klinischen und experimentellen Partnern zur biologischen Validierung der Ergebnisse
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Anfertigung einer naturwissenschaftlichen Dissertation im Bereich Tumor- und Transplantationsimmunologie
Ihr Profil:
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abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandtem Fachgebiet
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sehr gute Kenntnisse in R und/oder Python sowie in Bash/Shell-Scripting
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Interesse an Immunonkologie, Metabolismus und Datenintegration
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Interesse an der Zusammenarbeit mit Grundlagenwissenschaftler*innen und Kliniker*innen und an translationaler Forschung
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Erfahrung in der Analyse von Metabolomics Daten von Vorteil
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Erfahrung in der Analyse von Sequencing Daten von Vorteil
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Erfahrung mit Code-Versionierung (GitHub/GitLab) sowie Grundkenntnisse in Workflow-Management-Systemen (z.B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Umgebungen wünschenswert
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selbstständige, strukturierte Arbeitsweise und analytisches Denken
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Teamfähigkeit und gute Englischkenntnisse
Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet zu besetzen (TV-L, 65%) mit der Option auf Verlängerung.
Wir freuen uns über Ihre Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen über unser Online-Portal.
Universitätsklinikum Freiburg
Klinik für Innere Medizin I
Dr. Petya Apostolova
Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg
Fragen? Dann kontaktieren Sie bitte:
Dr. Petya Apostolova
petya.apostolova@uniklinik-freiburg.de
(bitte senden Sie keine Bewerbung an diese Mailadresse)